현행 헌법은 감사원을 대통령 소속 아래에 두고 있다. 따라서 감사원은 위에서 언급한 4대 권력기관과 마찬가지로 대통령의 권력남용의 첨병 역할을 수행하기도 하였다. 감사원이 대통령 직속기관인 상태에서는 대통령의 영향력으로부터 벗어나기 어렵다는 한계를 가질 것이기 때문이다.

감사원의 권한에 속하는 회계검사와 공무원 직무감찰은 그 성질상 독립성이 강하게 요구되는 사무이다. 감사원의 권한은 대통령의 정책에 따라 방향이 설정되어야 할 성질의 것이 아닌 것이다. 감사원은 오로지 국민에 대하여만 책임지는 국가기관으로 독립되는 것이 마땅하다.

감사원의 독립과 관련하여, 국회 소속으로 하는 방안과 대통령은 물론 의회로부터도 독립시키는 방안이 있을 수 있는데, 국회 소속으로 할 경우 대통령 소속일 때와 마찬가지로 국회 안의 정파와 국회의원의 영향력으로부터 벗어나기 어려울 것이라는 관점에서 감사원을 국회로부터도 독립된 기관으로 설치하는 것이 바람직하다고 하겠다.

이번 개헌에서 감사원을 대통령은 물론 국회 소속에서도 벗어난 독립기관으로 보장하고, 그 독립성을 헌법적으로 명시함으로써, 감사원이 대통령의 권력남용의 도구로 전락되는 사례를 방지해야 한다.