집행권력 내지 행정권 전부가 대통령의 지휘 감독 아래에 복속할 필요성은 없다. 중앙선거관리위원회는 과거 행정부 내의 당시 ‘내무부(현행 행정안전부)’가 담당하던 행정사무 중 선거사무에 관한 권한을 독립하여 행사하는 헌법상 독립행정기관이고, 감사원은 대통령 소속 아래에 있으나 직접적인 지휘, 감독을 받지는 않는다(대통령으로부터 완전히 독립될 필요성이 있다는 점에서 그 독립성에 관한 개정논의가 있다. 후술).

법률을 단순히 집행하는 행정사무(집행사무)는 정부의 정책결정에 좌우될 성질의 것이 아니다. 미국의 사례로는, 환경보호국(EPA), 연방통신위원회(FCC), 연방재난관리국(FEMA), 연방통상위원회(FTC) 정부조달본부(GSA), 미항공우주국(NASA), 연방정부기록보존소(NARA), 국립과학재단(NSF) 등이다. 또한 그 성질상 대통령의 정책에 따르기보다는 정치적 내지 정당적 이해관계를 넘어서서 초당적 입장에서 국가권력이 행사될 필요성이 있는 행정권(집행권)도 있다. 미국의 사례를 들면, 중앙정보국(CIA), 연방준비위원회(FRB), 국제무역위원회(USITC), 국제개발처(USAID) 등과 같은 기관이다. 이들 사무의 경우, 의회의 법률로 대통령으로부터 독립된 독립행정기관을 설치하고 독립하여 운영될 수 있도록 하거나, 의회로부터도 독립하여 행정사무를 수행할 수 있도록 하는 등 다양한 형태의 독립행정기관이 설치·운영될 수 있다.

현행 헌법은 헌법에 직접적인 예외규정을 존재하지 않는 한, 모든 형태의 집행권(행정권)이 대통령의 지휘·감독 아래에 복속하는 것으로 해석되고 있다. 이는 복잡하고 신속하게 변화하는 현대 사회에 대응하기에 부적절할 뿐만 아니라, 위에서 이미 설명한 바와 같이 제왕적 대통령 행태를 부추기는 요인이 된다고 하겠다.

이번 개헌에서 다양한 형태의 독립행정기관에 관하여 헌법조항을 구체적이고 개별적으로 둘 수는 없다고 하더라도 적어도 이들 행정기관을 입법적으로 설치·운영할 수 있는 헌법적 근거를 마련한 필요성은 반드시 구현되어야 한다고 본다.