현행 제도에서 대통령의 권력남용을 가능케 하는 주된 요소 중 하나는 공무원 기타 공무담당자에 대한 대통령의 과다한 인사권 행사라고 볼 수 있다. 현행 헌법 제78조는 대통령이 공무원인사권 전권을 행사할 수 있는 것처럼 규정되어 있고, 위에서 살펴본 것처럼 정부 내 모든 공무원들이 대통령의 보좌기관으로 규정되어 있으므로, 대통령은 정부의 모든 인사권을 직접 행사하거나 지시하는 형태로 적극 개입할 수 있는 논리체계를 갖추고 있다고 볼 수 있다. 정부 공무원들의 임면 및 보직의 체계는 모두 대통령의 눈치를 보면서 대통령에 대하여 책임지는(충성하는) 형태로 구성되어 있다고 평가할 수 있다. 공무원들이 주권자 국민에 대하여 책임지기 보다는 상급공무원에 대하여 책임지는 행태를 보이는 이유이다.

최고국정운영자로서의 대통령이 국정운영의 정책을 수립하고 수행함에 있어서 필요한 공무원에 대하여 임면권을 행사하여야 함은 당연하다. 그러나 대통령의 인사권은 헌법과 법률이 직접 규정하는 특정 공무원(주로 장관 등 고위공직자)의 임면권으로 충분하다고 보아야 한다. 그 아래의 나머지 하위공무원 내지 공무담당자에 대한 임면권은 법률이 정하는 바에 따라 행정각부의 장 기타 공무원이 자기 책임 아래에서 행사함이 마땅하다.

공무원임면권에 대한 대통령의 독점에 대한 관행과 관습의 뿌리는 쉽게 뽑힐 사항이 아니다. 단순히 관련 법률을 제정하고 개정하였다고 하여 그 관행이나 고정관념이 바로 변경될 사안이 아니라고 본다. 대통령의 공무원임면권에 대한 개헌이 이번 개헌에서 논의되는 이유이다.

대통령의 공무원인사권에 대한 제한규정을 헌법에 명시하는 것은 대통령이 다른 공무원의 인사권에 개입할 수 있을 것인지에 대한 법적 책임을 분명하게 밝히는 의미가 있다. 만일 대통령이 그 헌법조항에 위반하여 다른 공무원의 인사권 행사에 개입하는 경우, 대통령은 헌법위반임이 명백해지므로, 그에 대한 법적 책임추궁을 피할 수 없게 된다. 즉 헌법조항에 위반하여 다른 공무원의 인사권에 개입할 경우, 그러한 대통령의 행위는 헌법위반의 탄핵사유에 해당될 것이기 때문이다. 대통령의 공무원인사권을 제한하는 헌법조항을 두게 될 경우, 대통령은 자신의 공무원임면권 행사, 예를 들어 행정각부의 장의 임명에 있어서 보다 신중을 기하게 될 것이고, 이를 통하여 국민에 대하여 보다 책임성 있는 국정운영을 행할 것을 기대할 수 있게 된다.