이번 개헌과 관련하여 제왕적 대통령 문제를 해결하기 위한 권력분립방안으로 제시되는 의견으로는, 최고국가권력담당자를 두 기관으로 대등하게 분산시켜서 권력 남용을 방지할 수 있다는 견해, 즉 이원정부제 주장이 있다. 국민이 직선으로 선출한 대통령은 통일, 외교, 안보와 국민통합에 관한 국가권력을 관장하고, 내각제 방식으로 선출되는 총리는 경제, 사회복지 기타 내치에 관한 국가권력을 관장하도록 하여 두 기관이 서로 견제하도록 하고, 때로는 이들 기관이 서로 협치 하도록 함으로써 권력분립의 합리성을 찾을 수 있다는 것이다.

이러한 소위 ‘투톱시스템’은 ‘최고’권력에는 그 성질상 부합하기 어려운 제도라는 점, 오늘날 외치와 내치의 구분이 불분명하여 대통령과 총리의 책임소재가 불분명하다는 점, 따라서 이들 두 기관이 손쉽게 갈등을 초래할 수 있다는 점, 이들 두 기관담당자 중 한 사람이라도 정치적 욕심을 드러낼 경우 두 기관의 갈등은 해소될 수 없다는 점, 그리고 이들의 갈등에 있어서 이들 기관이 모두 국가 최고기관이기 때문에 다른 어느 기관이나 국민도 중재가 어렵다는 점, 총리의 경우 기본적으로 간선제를 채택하게 될 것인데 이는 직선제를 원하는 주권자 국민의 의지에 반하는 점 등을 고려하면 이번 개헌논의에서 선뜻 받아들이기 어려운 제도라고 평가할 수 있다.

이원정부제의 채택보다는 대통령이나 총리 1인을 최고국정운영자로 하고, 그의 권력남용가능성을 통제할 수 있는 권력분립제, 특히 행정부 내의 권력분립제를 확립하는 것이 바람직한 해결책이라고 본다.